Die Geschichte der Stadt hängt sehr eng mit der des Schlosses zusammen, das in seiner jetzigen Form in den Jahren 1485 bis 1496 erbaut wurde. Anfang bis Mitte des 15. Jahrhunderts unterstand Scheer dem "Grafen von Montfort-Tettnang". Ab 1452 ging die Stadt als Teil der Grafschaft Friedberg-Scheer in den Besitz des "Hauses Waldburg" über und war zugleich Residenz und Verwaltungssitz des "Truchsessen von Waldburg".
Die Grafschaft "Friedberg-Scheer" gehörte neben den Herrschaften Dürmentingen-Bussen und Kallenberg in der Dekade zwischen Bauernkrieg und Französischen Revolution zu den revoltenträchtigsten adeligen Herrschaftsgebieten. Fast jede Bauerngeneration beteiligte sich an Fron- und Steuerverweigerungen, Tumulten und Prozessen.
Die über dem Ort thronende Kirche entstand im 13. Jahrhundert als dreischiffige gotische Basilika, benannt nach dem heiligen Bischof "Nikolaus von Myra", und besticht durch ihre überaus prachtvolle Innengestaltung.
Durch die Übernahme der Grafschaft "Friedberg-Scheer" im Jahre 1786 durch "Karl Anselm von Thurn & Taxis" wurde diese zur reichsgefürsteten Grafschaft erhoben. Ab 1806 kam die Stadt Scheer dann unter württembergische Hoheit.
Aus dieser Zeit ist unter anderem nachgewiesen, dass sich der Pfarrer und Dichter "Eduard Mörike" des öfteren in Scheer aufhielt, um seinen ältesten Bruder Karl, einen Amtmann in Thurn- und Taxisschen Diensten, zu besuchen. Hier verfasste er auch seine "23 Gedichte im Grünen Heft". Der 1997 ins Leben gerufene "Mörike-Pfad" führt aus diesem Grund auch direkt durch Scheer.
1806 kam die Stadt unter württembergische Hoheit. Die meisten Bürger lebten von der Landwirtschaft. Auch das Handwerk nahm einen hohen Stellenwert ein. Einige Wenige verdienten sich ihren Lebensunterhalt durch Bierbrauen und Schnapsbrennen.
Das historische Rathaus entstand 1838 in seiner heutigen Form und wurde Ende der 80er Jahre aufwendig saniert. Es enthält heute neben den Büros der Stadt-bediensteten auch den gemeindlichen Sitzungssaal.
Bis 1973 gehörte Scheer dem Kreis Saulgau an. Durch die Kreisreform kam die Stadt dann zum Landkreis Sigmaringen. In der anschließend durchgeführten Gemeindereform kam die Gemeinde Heudorf zu Scheer. Seitdem ist Heudorf ein Ortsteil der Stadt Scheer.